（一）明確消毒的主要對象應具體分析引起感染的途徑、涉及的媒介物及病原微生物的種類，有針對性地使用消毒劑。（二）采取適當的消毒方法根據消毒對象選擇簡便、有效、不損壞物品、來源豐富、價格適中的消毒方法。
醫院診療器械按污染后可造成的危害程度和在人體接觸部位不同分為三類：
1.高度危險的器材穿過皮膚、粘膜而進入無菌的組織或器官內部，或與破損的皮膚粘膜密切接觸的器材，如手術器械、注射器、心臟起搏器等。必須選用高效消毒法（滅菌）。
2.中度危險的器材僅與皮膚、粘膜密切接觸，而不進入無菌組織內，如內窺鏡、體溫計、氧氣管、呼吸機及所屬器械、麻醉器械等。應選用中效消毒法，殺滅除芽胞以外的各種微生物。
　3.低度危險器材和物品不進入人體組織，不接觸粘膜，僅直接或間接地與健康無損的皮膚接觸，如果沒有足夠數量的病原微生物污染，一般并無危害，如口罩、衣被、藥杯等，應選用低效消毒法或只作一般衛生處理。只要求去除一般細菌繁殖體和親脂病毒。
（三）控制影響消毒效果的因素許多因素會影響消毒劑的作用，而且各種消毒劑對這些因素的敏感性差異很大。
　1.微生物的種類不同類型的病原微生物對消毒劑抵抗力不同，因此，進行消毒時必須區別對待。
（1）細菌繁殖體易被消毒劑消滅，一般革藍氏陽性細菌對消毒劑較敏感，革藍氏陰性桿菌則常有較強的抵抗力。繁殖體對熱敏感，消毒方法以熱力消毒為主。
（2）細菌芽胞芽胞對消毒因子耐力最強，殺滅細菌芽胞最可靠的方法是熱力滅菌，電離輻射和環氧乙烷熏蒸法。在化學消毒劑中，戊二醛、過氧乙酸能殺滅芽胞，但可靠性不如熱力滅菌法。
（3）病毒對消毒因子的耐力因種類不同而有很大差異，親水病毒的耐力較親脂病毒強。
（4）真菌對干燥、日光、紫外線以及多數化學藥物耐力較強，但不耐熱（60℃1小時殺滅）。
2.微生物的數量污染的微生物數量越多需要消毒的時間就越長，劑量越大。
3.有機物的存在①有機物在微生物的表面形成保護層妨礙消毒劑與微生物的接觸或延遲消毒劑的作用，以致于微生物逐漸產生對藥物的適應性。②有機物和消毒劑作用，形成溶解度比原來更低或殺菌作用比原來更弱的化合物。③一部分消毒劑與有機物發生了作用，則對微生物的作用濃度降低。④有機物可中和一部分消毒劑。消毒劑中重金屬類、表面活化劑等受有機物影響較大，對戊二醛影響較小。
4.溫度隨著溫度的升高，殺菌作用增強，但溫度的變化對各種消毒劑影響不同。如甲醛、戊二醛、環氧乙烷的濕度升高1倍時，殺菌效果可增加10倍。而酚類和酒精受溫度影響小。
　5.PH值從兩方面影響殺菌作用。①對消毒劑的作用：改變其溶解度和分子結構。②pH過高或過低對微生物的生長均有影響。在酸性條件下，細菌表面負電荷減少，陰離子型消毒劑殺菌效果好。在堿性條件下，細菌表面負電荷增多，有利于陽離子型消毒劑發揮作用。
　6.處理劑量與監測保證消毒、滅菌處理的劑量，加強效果監測，防止再污染。